Desde su inicio la Institución de Estudios Complutenses desarrolló unos ciclos de conferencias titulados: Historia, Arte y Cultura de Alcalá de Henares, del que se llegaron a impartir ocho ediciones hasta 1996. Desde entonces se celebran cursos monográficos, que en ocasiones conmemoran efemérides importantes para la ciudad de Alcalá. En los últimos años se hacen dos cursos monográficos cada año, uno en la primavera y otro en el otoño, con una media de ocho conferencias. El ciclo se completa con una visita guiada por la ciudad para mostrar el tema del que se ha tratado, y al finalizar la conferencia de clausura se entrega el libro que recoge el texto de las conferencias impartidas a los asistentes al curso. Dichos cursos están abiertos al público en general, y se imparten en dependencias de la Universidad de Alcalá de Henares. La diferencia entre miembros y asistentes es el precio que pagan unos y otros por su asistencia.

En el mes de noviembre, coincidiendo con la festividad de San Diego el 13 de noviembre, tiene lugar la fiesta de la Institución de Estudios Complutenses. Consiste en la presentación de nuestra revista científica “Anales Complutenses”, de periodicidad anual, que recoge artículos especializados de temática complutense, y en el que están todos invitados a participar, siempre que los artículos cumplan con los requisitos científicos establecidos por el comité de redacción de la revista. 

Cada cuatro años, y desde 1988 se vienen celebrando los Encuentros de Historiadores del Valle del Henares, en colaboración con la Diputación de Guadalajara. En 2018 se celebró su XVI edición en Alcalá de Henares. Tiene una periodicidad bianual, teniendo su sede alternativamente en Guadalajara y Alcalá. Se estructura en forma de tribuna abierta en la que pueden participar libremente cuantas personas quieran participar con sus comunicaciones e investigaciones. El ámbito de los estudios tendrá límites geográficos y abarcará los pueblos y las tierras de la cuenca del Henares, considerada como una unidad histórica, geográfica económica, social y cultural. Se puede participar como comunicante y como asistente, y dicha participación da derecho a la entrada en las sesiones científicas, a la lectura de un resumen de la comunicación presentada, a participar en las actividades sociales y a recibir un ejemplar de las Actas del Encuentro y al correspondiente certificado de participación en el mismo. Las Actas se entregan el día de la clausura de los Encuentros.